در دوازدهم خرداد ۶۶ سید احمد خمینی که در آن روزگار به عنوان رئیس دفتر و کانال ارتباطی امام با ارکان حاکمیت محسوب می‌شد، نامه‌ای به پدرش، امام خمینی نوشت که کمی در آن تلخی و سوءظن وجود داشت.

مرور و بازخوانی اسناد و نامه‌های مربوط به بنیان‌گذار فقید جمهوری اسلامی بعد از پیروزی انقلاب اسلامی که در مجموعه «صحیفه انقلاب» گردآوری شده است، عملا بازخوانی تاریخ جمهوری اسلامی در دهه اول حیات است، در میان این خاطرات و اسناد نکات مهم و قابل تاملی وجود دارد که هنوز هم مبتلای این روزگار است.

در یکی از این اسناد که به خرداد ۱۳۶۶، دوسال قبل از ارتحال امام خمینی مربوط می‌شود، شاهد یک بگو مگوی صریح و جالب بین شورای مدیریت حوزه علمیه و امام خمینی هستیم، آن هم درباره موضوع داغ «بودجه‌های حوزه علمیه»

در خرداد ۶۶ سید احمد خمینی که در آن روزگار به عنوان رئیس دفتر و کانال ارتباطی امام با ارکان حاکمیت محسوب می شد، نامه‌ای به پدرش، امام خمینی نوشت که کمی در آن تلخی و سوءظن وجود داشت، آن هم از طرف اعضای شورای مدیریت حوزه علمیه نسبت به خود احمد خمینی، احمد خمینی برای پدرش چنین نوشت:

«بسم الله الرحمن الرحیم.

پدر و مراد بزرگوار. پس از سلام، زمانی که شورای مدیریت حوزه علمیه قم خدمت حضرتعالی رسیده بودند تقاضای کمک برای پیشبرد امور مربوط به حوزه را کرده بودند، حضرتعالی فرموده بودید: مسئله را به احمد بگویید تا او دنبال کند. قرار بر این شد که شورا در نامه‌ای به حضرتعالی مقدار احتیاج‌شان را بنویسند. آنان پس از بررسی، نامه‌ای برای حضرتعالی نوشتند... که در صورت عدم پرداخت پول از طرف شخص جنابعالی از بنیاد مستضعفان به آن‌ها کمک گردد. نامه مذکور خدمت‌تان تقدیم شد. حضرتعالی فرمودید: چنین کاری را انجام نمی‌دهید و از طرف شماها به بنیاد چیزی گفته نشود هرچه پول و ساختمان زیاد گردد درس و معنویت کم می‌شود. و چند بار دیگر هم تقاضای برادران‌مان را عنوان نمودم، باز فرمودید: من خیال می‌کردم آقایان پنجاه هزار تومان احتیاج دارند. خدمت‌تان عرض کردم: اگر چنین بود خودشان‌ می‌پرداختند... برای آقایان شورا مسئله حل نشده است و عقیده‌شان این است که: تو (احمد) نخواسته‌ای نظر مبارک حضرت امام را که با این مسئله موافق بوده است به مسئولین حوزه ابلاغ کنی و یا شما یاد امام نیاورده‌ای که حضرت امام در این قضیه پول مورد احتیاج شورا را بپردازند... به حضرت امام عرض کن که اگر مسئله‌ای را به شما محول می‌کند، بعد موافقت کنند که موجب این‌گونه حرف‌ها نشود.

۶۶/۳/۱۲ احمد خمینی»

پاسخ امام خمینی به نامه مرحوم سید احمد خمینی که دقیقا یک روز بعد امضا شده است، بدین شرح است:

«بسمه تعالی

نظر من همان است که قبلا کرارا گفته‌ام: من با این تشریفات مخالفم، و برای حوزه علمیه مضر می‌دانم. اساس اسلام و تحصیل است که با این نحو زیاده‌روی‌ها منافی است؛ و من از بعض آقایان تعجب می‌کنم که تو را زیر سوال بردند. من باید عرض کنم به آقایان که تا این تاریخ هیچ موردی، حتی این مورد، نبوده است که احمد برخلاف گفته یا نوشته من بدون اطلاع من تصرفی بکند. بلی، بعضی اوقات در سخنرانی‌های اینجانب احمد و دیگران، حتی اشخاصی از رادیو و تلویزیون، نظراتی می‌دهند که مورد قبول می‌شود. از خداوند تعالی توفیق همگان را خواستارم؛ و به احمد نصیحت می‌کنم که جدیت در جلب رضای خداوند حاضر ناظر نماید، و از طعن و لعن دیگران نهراسد.

۱۳ خرداد ۶۶

روح الله الموسوی الخمینی.»