طبق آنچه گمرک جمهوری اسلامی اعلام کرده است، باتوجه به اینکه هر محموله‌ای کشتی که وارد بندر می‌شود ابتدا مانیفست (اطلاعات باری) آن به بندر داده می‌شود و پس از آن، بندر محموله را به گمرک اظهار می‌کند تا تشریفات گمرکی و ترخیص آن آغاز شود. اما محموله وارداتی که روز شنبه (ششم اردیبهشت) در بندر شهید رجایی دچار انفجار و حریق شده، هیچ‌گونه شماره کوتاژ و اظهارنامه مبنی بر اینکه به گمرک اظهار شده باشد را ندارد و این کشتی و محموله آن در اختیار گمرک نبوده است.

گفتنی است؛ طی دو روز اخیر عملیات اطفای حریق در بندر شهید رجایی انجام شده و اکنون لگه‌گیری آتش‌سوزی در بندر در حال انجام است.

اکنون باتوجه به پایان اطفاء حریق، انجام تمامی تشریفات گمرکی در بندر شهید رجایی به مدار برگشته و تجارت به روال عادی برگشته و همه رویه‌های گمرکی نیز اعم از صادارت، واردات و ترانزیت در بندر شهید رجایی برقرار شده است.

ارسال محموله‌های صادراتی نیز از دیگر گمرکات کشور به مقصد گمرک شهید رجایی از امروز از سر گرفته شده و محموله‌های ارسالی به بندر پذیرش می‌شوند.